En el terme parroquial d’Empúries es conserven el record i les ruïnes de vuit esglésies, la més antiga l’anomenada “basílica paleocristiana” edificada sobre unes antigues termes romanes, d’una sola nau amb una capçalera semicircular, del segle V, actualment dintre del recinte de les ruïnes d’Empúries.
L’actual temple parroquial, que ja existia l’any 834,ha estat restaurat diferents vegades segons consta en les tres làpides que hi ha a la façana actual; la primera del 920, de marbre blanc ens recorda que el temple estava de feia temps en ruïnes, i que de molt antic estava consagrat a Sant Martí; que el 926 el comte Gausbert, heroi triomfant, fill de Sunyer i d’Ermengarda el van renovar”
Una segona reconstrucció ens la recorda la làpida funerària de Guillem de Palol, “bon sagristà i protector del poble” , datada l’any 1248; ell va construir el campanar i va reconstruir el teulat i el paviment
El 1468 va ser assetjada la vila d’Empúries pel duc de Lorena i devastada; posteriorment, el 1507, va ser restaurat el temple segons consta en la làpida de sobre la porta: “El dia de Santa Margarida del 1507 fou començada la present església i fou posada la primera pedra per l’Honorable Joan Pascol dels Recs”.
L’església és d’una nau, amb capçalera poligonal, volta de creueria i arcs torals i triomfal apuntats; es destaca la façana, molt simple, rectangular i horitzontal, coronada per pilastres que formen el campanar, de cadireta, i decorada amb una bonica rosassa. S’hi conserven una ara paleocristiana de marbre blanc del s. V; l’altar major del s. X adornat amb arcs de ferradura; la pila baptismal, amb arcs lumbars del s. XII; i una pica beneitera del segle XVI.
Font: Web de la parròquia de Sant Martí d’Empúries i Gran Geografia Comarcal de Catalunya. Fundació Enciclopèdia catalana.